1) 与分散剂联合使用。如果要想使杀菌灭藻剂获得最佳的杀菌效果，杀菌灭藻剂应与分散剂(抗污垢剂)联合使用。这样，可以在很大程度上抑制冷却水系统中的微生物的生长。更重要的是，首先要从冷却水系统中尽可能地除去微生物和污垢。这样，它们就不会继续成为其他微生物的营养源。
2) 抗药性。在制定微生物控制方案时，要牢记的是:决定杀菌剂用量的主要因素是微教生物的抗药性。微生物产生抗药性的第一个原因是微生物的细胞膜发生了变化，便杀菌剂不能透入第二个原因是由于微生物发生了遗传矮变，产生了免疫力。
3) 温度和pH值。冷却水的温度与杀菌剂作用的关系很大。当温度升高时，季铵盐的作用减弱。  循环冷却水的pH值对杀菌灭藻剂的性能有决定性的影响。当pH〉7.5时，二硫氰基甲烷将发生水解，铜盐盐将发生沉淀，氯酚将转变为杀菌效果较差的酚盐，2,2一二溴-3一氮次甲丙酰胺会因为水解而被破坏，氯在水中将不再生成次氯酸而是生成活性较差的次氯酸盐。与此同时某些有机硫化合物、戊二醛、季铸盐和季铵盐在碱性冷却水中则工作得很出色。
4）添加方式。向冷却水中添加杀菌剂时常采用冲击方式，而不采用连续方式，以便使冷却水系统中微生物的数量急剧降低到一个很低的数值。因为到这个数值后，微生物就不容易恢复到原来的状况。虽然偶尔有工厂采用连续方式添加杀菌剂，但一般是冲击方丁式添加杀菌剂的效果更好。

5）浓缩倍数和停留时间。杀菌剂在冷却水系统中的停留时间，对于微生物控制方案的有女性十分重要。如果冷却水的浓缩倍数低，则杀菌剂的停留时间就拢短。此时，必须增加加药量，以补偿大量未加杀菌剂的补充水进入冷却水系统时对杀菌剂的稀释作用。