湖泊、水库的富营养化严重影响了湖。库功能的发挥和有效作用，造成经济上、环境上的巨大损失，特别是给饮用水处理增加困难。富营养化水源对给水处理及饮用水水质带来的问题如下。
    (1)对混凝沉淀的影响  藻类分泌出的有机物会妨碍絮凝作用，导致需要投加大量的混凝剂，增加药耗。富营养化水体的pH值升高，影响混凝剂的水解程度。由于光合作用使表层水的溶解氧含量高，致使絮凝体（俗称矾花）密度降低，沉淀去除率下降。部分活性藻细胞易穿透絮体，破坏絮凝过程，导致沉淀出水中有藻。
    (2)干扰过滤水中大量藻类和水生微生物的滋生繁殖使滤池堵塞，破坏过滤的正常运行，且微生物还会穿透滤池在配水系统中繁殖，造成配水系统水流不畅或阻塞；由于滤层堵塞，缩短了过滤运行周期，导致反洗频率增加，反洗水量加大，产水率降低并影响出水水质。
    (3)对设备、构筑物的影响  藻细胞繁殖分泌形成的黏膜附着在输水道管壁上、处理设备及混凝土池壁上，对设备构成腐蚀，致使池壁、管壁老化粗糙，同时又给微生物繁殖提供有利的栖息场所。水中浮游动物和一些大型水生物穿过水处理构筑物而进入供水系统，造成滤网、闸门、水表等的堵塞失效。
    (4)对水质的影响  藻类产生的微量有机物使水带有强烈异味；藻类分泌出的有机物分解生成难以降解的腐殖酸，即为三卤甲烷前驱物（THM的前驱物），如用氯消毒即生成具有致癌、致畸和致突变作用的有害物如总三卤甲烷( TTHM)，使水质更加恶化，不宜饮用。