杀菌灭藻剂厌氧消化过程可以划分为水解酸化、产乙酸和产甲烷三个连续的阶段。

    第一阶段为水解酸化阶段。在水解产酸菌胞外酶的作用下，将复杂的大分子和不溶性的有机物水解为小分子和溶解性的有机物，只有这些小分子和溶解性的有机物才能够渗入细胞体内，被细菌直接利用，分解产生出挥发性有机酸、醇类和醛类等。由于简单碳水化合物的分解产酸作用比含氮有机物的分解作用为快，蛋白质的水解只能在碳水化合物的水解后发生。含氮有机物水解产生的氨，除了提供合成细胞的氮源外，在水中还可以部分形成碳酸氢氨，缓冲消化液中pH值的影响。

    第二阶段为产乙酸阶段。杀菌灭藻剂在产乙酸菌的作用下，第一阶段产生的各种有机酸被分解转化成乙酸、乙酸盐、氢和二氧化碳。及时有效地消耗和利用所产生的氢，才能保证产乙酸反应的高效进行，而产杀菌灭藻剂甲烷反应则是消耗氢的反应过程。

    第三阶段为产甲烷阶段。主要是杀菌灭藻剂通过两组生理上不同的产甲烷菌的作用，一组是将氢和二氧化碳转化成甲烷，另一组是将乙酸或乙酸盐脱羧后产生甲烷。杀菌灭藻剂成分前者约占甲烷产量的1/3，后者约占2/3。