杀菌灭藻剂传统的厌氧消化处理工艺是产酸菌和产甲烷菌在一个反应器内完成厌氧消化的全过程，由于产酸菌和产甲烷菌对环境条件的要求不同，很难使二者同时都处于最佳的活性状态，从而影响了消化的效率。两相杀菌灭藻剂厌氧消化处理工艺是将产酸菌和产甲烷菌分别置于两个串联的反应器内，通过控制各自的运行参数，分别提供产酸菌和产甲烷菌所需的最佳条件，有效提高杀菌灭藻剂厌氧反应器的运行稳定性和处理效率。