为了保证反渗透设备的稳定运行，完备的设计是第一位的。这要求设计者在设计产品、工程的过程中要充分考虑到农村苦咸水处理的复杂性，考虑到制水环节中的细节，包括水质、产水规模、设备运转状况、使用地点、使用者的专业背景等，而不是简单的完成各部件的连接。在设备的设计与实际操作使用中间出现了一个平衡关系。既要保证设备的运行维护简便、运行安全可靠，又要保证设备成本不会过高。而平衡这个关系的关键则是成本，包括设备自身的成本、折旧年限与设备产生的经济效益。通过平衡这些成本可以优化出合理的设备选型。
        对于原水水质以及设备运行过程中可能发生的水质变化要做到充分了解，并配以保护措施。在反渗透设备设计方面，理论上可选择的保护措施包括预处理加药保护、预处理流程的优化、监控仪器的完善。但是针对农村用户，这里存在着使用者专业技术背景欠缺和设备成本的问题。在技术上，过于自动化的设备并不适合目前的农村市场，而在线清洗装置却是必要的，同时可以考虑模块化的设计，便于设备的更换与维护。
随着反渗透设备自动化程度的增加，设备的投资也随之增加；而自动化的设备又存在监测控制元件过多，设备过于敏感，故障率偏高的特点。这些故障往往不是设备本身引起的，而是来自于监控设备的故障，比如前文提到的压力保护开关的堵塞。其结果是农村使用者花费较高的价钱买来了自动化程度高的设备，反而不能保证设备的连续运行