冷却水系统在运行过程中，其冷却设备的金属表面上常常会发生沉积物（污垢）的集积。多数换热器用碳钢制成。碳钢的导热系数为46.4~56.2W/（m·k）[167-188kj/(m·h·℃)]，但碳酸盐垢的导热系数为0.464~0.697W/( m·k),只有碳钢的1%左右；油脂层的导热系数则更低，为0.117 W/( m·k)，仅为碳钢的0.25%。因此，沉积物的存在将大大换热器的冷却效果。与此同时，沉积物还使换热器中冷却水通道的截面积和冷却水的通量变小，从而使冷却效果进一步降低。微生物黏泥和油垢是徽生物生长的基地和养料。黏泥还是徽生物躲避杀生剂的庇护所。油垢的存在会增加冷却水的耗氧量，降低氯的杀菌效果。这些都将促进徽生物的生长和微生物腐蚀的发展。沉积物还阻碍冷却水中缓蚀剂和预膜药剂到达冷却设备的金属表面，使它们难于与金属反应而生成保护膜，从而降低缓蚀剂和预膜剂处理的效果。沉积物覆盖于金属表面，为垢下腐蚀创造了必要的条件。因此，不论从提高冷却效果来考虑，还是从防止腐蚀和抑制徽生物生长来考虑，冷却水系统都应定期进行清洗，以除去金属表面上的那些沉积物。新的冷却设备，在制造加工、运输及储存期间会发生锈蚀，带入切削油、防锈油；在安装过程中可能留下碎屑、油类泥砂和杂物。因此，在开机之前，新的冷却水系统往往也需要清洗。如果冷却水系统中的换热器准备采用防腐涂料进行保护，则在涂装之前，换热器的金属表面也需要进行清洗。